일본 헤이안( 平 安)시대(794～1185)의 율령 세칙을 적은『엔기시키( 延喜式 )』의「진묘쵸( 神名帳 )」에「 対馬国上県郡和多都美神社 」로 표기된 신사가 바로 이곳으로 아주 오랜 역사와 유서를 간직한 곳이다.천신( 天神 )인 히코호호데미노미코토(彦火火出見尊)와 해신( 海神 )인 도요타마히메노미코토(豊玉姬命)를 모신 해궁으로 이들에 얽힌 용궁 전설이 남겨져 있다.

  먼 신화 시대에 해신인 도요타마히코노미코토(豊玉姬命)가 궁을 지어 와타즈미노미야(海宮)라 이름하였는데 어느날 히코호호데미노미코토가 잃어버린 낚시바늘을 찾기위해 이 궁으로 내려왔다가 도요타마히코노미코토의 딸 도요타마히메를 만나 결혼하였다고 전해진다.
본전 앞 갯벌에는 이소라에비스라는 이와쿠라(磐座, 신이 거처하는 장소, 주로 바위를 가리킨다)가 있고 신사 뒤편에는 도요타마히메의 분묘가 마련된 성지가 있다. 이곳이 신사가 만들어지기 이전의 이와쿠라로 추정된다. 도요타마히메는 진주를 신격화한 것으로 보이며 이는 바다의 대모신(大母神)에 해당한다. 이와쿠라가 바다와 육지의 경계인 갯벌에 위치에 있는 이유는 도요타마히메가 출산 후 아들을 갯벌에 놓아두고 해저 용궁으로 돌아가 버렸기 때문이라고 한다.

  본전 정면의 다섯 개의 도리이(鳥井)중 바다 위에 서 있는 두 개의 도리이는 만조에 따라 그 모습이 바뀌어 잔잔한 아소만과 어우러져 신화의 세계를 연상케한다. 역사적으로 각 시대별 번주나 국가의 원수들이 숭상한 곳이며 쓰시마 도민은 물론 일본 전국 각지에서도 많은 참배객들이 찾고 있다.